Die heutige Hauptstadt der Algarve gewann an Bedeutung, als 1577 der Bischofssitz von Silves nach Faro verlegt wurde.
Im 19. und 20. Jahrhundert entwickelte sich die Stadt zum Verwaltungs- und Dienstleistungs-Zentrum. Mit der Fertigstellung des Flughafens im Jahre 1965 wurde Faro zur Drehscheibe des Algarve-Tourismus. Grundlage für die heutige Stellung der Stadt ist neben dem Flughafen die 1979 errichtete Universität.
Auf Kelten (ab 1000 v. Chr.), Phönizier und Griechen (900 – 500 v. Chr.), Römer (200 v. Chr. – 500 n. Chr.) und Westgoten (418 – 700 n. Chr.) folgten die Mauren (714 – 1249 n. Chr.), und mit ihnen ein wirtschaftlicher Aufschwung (nicht nur in Faro, auch an der Algarve generell).
Im 11. Jahrhundert gründete der arabische Fürst Ben Sai Ben Harum in Faro sein Fürstentum. Vom Nachnamen Harum stammt vermutlich der Name „Faro“ (oder vom portugiesischen Wort für Leuchtturm: farol). Die Mauren förderten die Landwirtschaft, in dem sie Techniken, wie Kunstdünger oder Wasserschöpfräder einführten und Apfelsinen, Zitronen und viele weitere Früchte anbauten. Wissenschaft und Lehre waren zudem Zweige, die durch die Mauren stark geprägt wurden.
Der portugiesische König Alfonso III befreite Faro 1249 von den Mauren und 1250 wurde es dem portugiesischen Königreich angegliedert. Nach der Vertreibung der Mauren kam es zum Niedergang der Stadt, die fortan vom Fischfang und Schmuggel von Feigen lebte.
In den folgenden Jahrhunderten kam es zu einem neuen Aufschwung: Salzgewinnung, Salzhandel und landwirtschaftliche Produkte wurden zu den wichtigsten Wirtschaftsfaktoren. 1540 erhielt Faro das Stadtrecht, 1577 wurde der Bischofssitz von Silves hierher verlegt.
Im Laufe der Geschichte wurde die Stadt zwei Mal fast komplett zerstört: beim ersten Mal waren es Plünderung und Brandschatzung durch englische Truppen des Grafen von Essex (Ende des 16. Jahrhunderts) und einige Zeit später das Erdbeben von 1755.
Faros Kathedrale wurde, wie fast alle Kirchen an der Algarve, auf den Grundmauern einer Moschee erbaut (13./14. Jahrhundert). Wie die gesamte Stadt (s. o.), wurde auch die Kirche zwei Mal fast gänzlich zerstört. Man baute die Kirche jeweils wieder auf, fügte zum Teil etwas hinzu oder man nahm etwas weg, so entstand ein Sammelsurium von Baustilen.
Im angrenzenden Kirchhof versteckt sich eine kleine Knochenkapelle. Hier sind Gebeine und Totenschädel Verstorbener, die im Laufe der Jahrhunderte im Kirchenbereich bestattet worden sind.
Die alte Stadtmauer umschließt das historische Stadtzentrum (Vila Adentro) noch nahezu vollständig. Durch den Angriff des Grafen von Essex wurde die alte Stadtmauer (von den Mauren errichtet) schwer beschädigt. Anschließend wurde sie wieder aufgebaut und baulich verändert, um Kanonen installieren zu können.
Der Arco da Vila (s. Karte bei der Touristeninformation Faro) wurde von dem Genueser Baumeister Francisco Xavier Fabri 1812 fertig gestellt. Die Marmorfigur des Thomas von Aquin (italienischer Philosoph und Theologe des 13. Jahrhunderts) über dem Portal, bildet eine Reminiszenz an seine italienische Heimat. Innerhalb des Mauerbezirks befinden sich heute viele kommunale und kulturelle Einrichtungen.
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